纳税人购进农产品进项抵扣时，不同的扣除凭证可能存在不同的抵扣方式，可以分为认证抵扣、计算抵扣和核定扣除三种方式，符合条件的，还可以同时适用加计抵减政策，本文结合案例对不同情形下进项税额如何抵扣进行解析，并对存在的涉税风险进行提示。
第一 进项如何抵扣
注：农产品进项扣除率政策沿革，1994.1.1-2001.12.31，税率为10%；2002.1.1-2017.6.30，税率为13%；2017.7.1-2018.4.30，税率为11%（加计扣除2%）；2018.5.1—2019.3.31日，税率为10%（加计扣除2%）；2019.4.1年以后税率为9%（加计扣除1%）。
一、取得增值税专用发票
纳税人购进农产品取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。
自2020年3月1日起，增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票，取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限。纳税人如需用于申报抵扣增值税进项税额或申请出口退税、代办退税，应当登录增值税发票综合服务平台确认发票用途。
依据：《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第45号）
（一）从一般纳税人处购进取得增值税专用发票
1.用于农产品初加工
例1.某企业2020年5月向一般纳税人收购牛尾用于生产牛毛（9%税率），取得增值税专用发票，票面金额1000，税率9%，增值税额90，价税合计1090元，则可以抵扣的进项税额90元。当月全部领用。
采购时：
借：原材料—牛尾 1000
应交税费—应交增值税（进项税额）90
贷：应付帐款 1090
领用时：
借：生产成本 1000
贷：原材料—牛尾 1000
2.用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
例2.某企业向一般纳税人收购牛尾用于生产洗净毛（13%税率），取得增值税专用发票，票面金额1000，税率9%，税额90元，价税合计1090元，则可以抵扣的进项税额100元。当月领用一半原材料。
采购时：
借：原材料—牛尾 1000
应交税费—应交增值税（进项税额）90
贷：应付帐款 1090
领用时：加计扣除农产品进项税额 =90 ×1/2÷9%×1%=5元
借：生产成本 495
应交税费—应交增值税（进项税额）5
贷：原材料500
（二）从小规模纳税人处购进取得增值税专用发票
1.用于初加工，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
例3.某企业2022年3月向小规模纳税人收购牛尾用于生产牛毛（9%税率），取得增值税专用发票，票面金额1000，征收率3%，税额30，价税合计1030元，则总的可以抵扣的进项税额90元。当月领用一半原材料。
借：原材料—牛尾 940
应交税费—应交增值税（进项税额）90
贷：应付帐款 1030
领用时：
借：生产成本 470
贷：原材料 470
假如取得税率为1%农产品专票，能否按9%计算抵扣进项税额？
参考2021年8月31日，国家税务总局网站互动交流，留言公开答复：“根据《财政部?国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）第二条、《财政部?税务总局关于调整增值税税率的通知》（财税〔2018〕32号）第二条、《财政部?税务总局?海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部?税务总局?海关总署公告2019年第39号)第二条规定，纳税人购进农产品，从依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额；纳税人购进农产品用于生产或者委托加工13%税率货物的，按照10%的扣除率计算进项税额。
你公司购进农产品，如销售农产品的小规模纳税人选择放弃享受减征增值税政策，开具3%征收率的增值税专用发票，你公司取得了小规模纳税人开具的3%征收率的增值税专用发票，即可按上述规定计算抵扣进项税额。”
2.用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
例4.某企业向小规模纳税人收购牛尾用于生产洗净毛（13%税率），取得增值税专用发票，票面金额1000，征收率3%，税额30，价税合计1030元，则总的可以抵扣的进项税额100元。当月领用一半原材料。
采购时：
借：原材料—牛尾 940
应交税费—应交增值税（进项税额）90
贷：应付帐款 1030
领用时：
借：生产成本 465
应交税费—应交增值税（进项税额）5
贷：原材料 470
（三）纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。
二、取得海关进口增值税专用缴款书
以海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。
三、取得（开具）农产品收购发票或销售发票
（一）购进农产品，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
注意：根据财税〔2017〕37号规定，《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第二款第（三）项和本通知所称销售发票，是指农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
例5.某企业向农民收购自产牛尾用于生产牛毛（9%税率），开具农产品收购发票，金额98784元，则总的可以抵扣的进项税额为98784×9%=8890.56元，原材料的成本=票面金额98784×91%=89893.44元。
借：原材料—牛尾 89893.44
应交税费—应交增值税（进项税额）8890.56
贷：应付帐款 98784
（二）购进用于生产销售或委托受托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
例6.某企业向农业合作社收购牛尾生产洗净毛（13%税率），取得农产品销售发票，金额98784元，则总的可以抵扣的进项税额为98784×10%=9878.40元。本月全部领用。
（1）采购时：
借：原材料—牛尾 89893.44
应交税费—应交增值税（进项税额）8890.56
贷：应付帐款 98784
（2）领用时加计扣除：
公式：加计扣除农产品进项税额 = 当期生产领用农产品已按票面税率（扣除率）抵扣税额 ÷ 票面税率（扣除率）×1%。=8890.56 ÷9%×1%=987.84
借：生产成本 88905.60
应交税费—应交增值税（进项税额）987.84
贷：原材料 89893.44
（三）未分别核算时
纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
四、可同时适用加计抵减10%
生活服务业纳税人同时兼营农产品深加工，可以同时适用农产品加计扣除以及加计抵减政策。
根据《关于明确增值税小规模纳税人减免增值税等政策的公告》（财政部 税务总局公告2023年第1号），规定自2023年1月1日至2023年12月31日，允许生活性服务业纳税人按照当期可抵扣进项税额加计10%抵减应纳税额。该纳税人如果同时兼营农产品深加工业务，其购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，可按照10%扣除率计算进项税额，并可同时适用加计抵减政策。
例7：某公司系一般纳税人，主营业务为植物养护，兼营农产品生产，该企业自2022年1月全年植物养护销售额占全部销售额的比重超过50%。自2023年1月1日起适用加计抵减13%政策。2023年1月购进农产品10000元用于生产蔬菜罐头，当月已全部领用。当期其他一般计税项目取得允许抵扣的进项税额合计2000元。
解析：由于农产品用于深加工，进项税额允许按照10%扣除率计算抵扣1000元。其他允许抵扣的进项税额2000元。甲公司可以计算加计抵减的进项税额基数是3000元，允许加计抵减应纳税额300元。
五、农产品核定扣除
为加强农产品增值税进项税额抵扣管理，自2012年7月1日起，部分行业的试点纳税人购进农产品不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额，而是采用一定的进项税额核定方法进行抵扣，2013年9月1日起，相关权限下放至省一级，目前各省的核定扣除试点行业不尽相同。
六、申报表填写
例8：某一般纳税人2019年6月，从一般纳税人处购进农产品，取得增值税专用发票1份，票面金额10000元，税额900元；从小规模纳税人处购进农产品，取得增值税专用发票1份注明金额10000元，税额300元；从农民处收购免税农产品20000元，开具农产品收购发票1份，后领用10000元农产品用于生产13%税率的货物，已按照规定分别核算。
解析：
1、从一般纳税人处取得专用发票，以增值税专用发票上注明的增值税额900元为进项税额；
2、从小规模纳税人取得专用发票，以增值税专用发票上注明的金额10000元和9%的扣除率计算进项税额为900元；
3、开具农产品收购发票的，以农产品收购发票上注明的农产品，用于生产销售13%税率货物，按照10%的扣除率计算进项税额（其中1%于实际领用时加计扣除）20000×9%+10000×1%=1900元。可抵扣进项税额=10000×9%+10000×9%+20000×9%+10000×1%=3700元。
附：增值税申报表填写
第二、存在的涉税风险
一、购进农产品没有索取增值税专用发票，没有扣税凭证，导致无法抵扣进项税额。
二、购进农产品取得税务机关代开的增值税专用发票，在进行增值税纳税申报时按发票上注明的税额（3% 征收率对应的增值税额）填列附列资料（二）第 1 栏和第 2 栏，导致少抵扣进项税额。
三、从批发、零售环节小规模纳税人购进农产品取得普通发票抵扣了进项税额。
（一）从批发、零售环节纳税人处购进免税蔬菜
（二）从批发、零售环节纳税人处购进免税鲜活肉蛋产品
四、向农业生产者购买农产品与从批发零售环节购买农产品未分开核算。
建议取得农业生产者开具的普通发票，在备注栏内或具体农产品名称后注明“农业生产者自产”，以免难以区分。
五、2019年4月1日以前收购的农产品，4月1日以后用于生产或委托加工13%税率的货物，错误地按照2%加计扣除。
对于4月1日以后领用农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，不论4月1日以前收购还是4月1日之后收购，应统一按照1%加计扣除。
六、购进农产品既用于生产销售或委托受托加工 13% 税率货物又用于生产销售其他货物或服务的，未分别核算用于生产销售或委托受托加工13% 税率货物和其他货物或服务的农产品进项税额。未分别核算的，企业必须统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额，或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9% 的扣除率计算进项税额。
七、核定扣除未按规定计算可抵扣进项税额。
存在农产品平均购买单价计算错误、扣除率适用错误等，或者将取得专用发票的农产品抵扣进项后又进行核定扣除，造成重复抵扣等风险。
八、未按规定开具农产品收购发票
（一）从非农业生产者处购买的农产品开具了农产品收购发票，存在不予抵扣进项税额的风险。
（二）开具的农产品收购发票品名超出了52号文注释所列举的农产品范围，比如将洗净毛、洗净绒、中成药、方便面、熟制的水产品、肉类熟制品、肉桂油等开具了农产品收购发票。
（三）发生了交易，但人为操纵农产品收购数量或价格，造成不缴或少缴税款，存在行政处罚甚至被认定为虚开发票的风险。
（四）未发生交易，虚开农产品收购发票。
对于虚开农产品收购发票或销售发票的，存在进行行政处罚，依法追究刑事责任的风险。
虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，是指有为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开行为之一的。
《发票管理办法》第三十七条规定，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
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